Kuigi grafiiditiiglitel on sellised omadused nagu suur puistetihedus, kõrge temperatuuritaluvus, kiire soojusülekanne, vastupidavus happe- ja leeliskorrosioonile, kõrge tugevus kõrgel temperatuuril ja suurepärane oksüdatsioonikindlus, võib nende puhastamine pärast kasutamist olla tülikas, eriti teatud tooraine töötlemisel.
Grafiittiigli puhastamise esimene samm on sees olevate keemiliste ainete eemaldamine, millele järgneb puhastamine. Puhastusmeetod sõltub tiiglisse jäänud jäägi tüübist. Üldjuhul on grafiittiiglitel olevad sadestused anorgaanilised põlemisjäägid, mida saab puhastada vesinikkloriidhappega, kuna enamik neist on lahustuvad. Mõned süsinikkomponente sisaldavad jäägid ei lahustu aga vesinikkloriidhappes. Sellistel juhtudel võib puhastamiseks kasutada lämmastikhapet, kuna sellel on tugevad oksüdeerivad omadused. Puhastusprotsessi ajal saab rakendada ka kuumutamist.
Aineid, mida on veel raske puhastada, võib keeta lahjendatud soolhappes või lahjendatud lämmastikhappes. Pange tähele, et kasutatav vesinikkloriidhape ei tohi sisaldada oksüdeerivaid aineid, nagu lämmastikhape, nitraate ega halogeene. Kui lahjendatud lämmastikhappest ei piisa puhastamiseks, võib puhastamiseks kasutada sulatatud kaaliumpürosulfaati, naatriumkarbonaati või booraksit.
Grafiittiigleid tuleb hoida puhtana, nii sise- kui ka välispinnad peavad olema heledad ja läikivad. Pärast pikaajalist kuumutamist võib tiigli välispind tuhmuda ja aja jooksul tungib see tuhmus sisemusse, muutes tiigli rabedaks ja pragunema. Seetõttu tuleb kõik ebapuhtad ained eemaldada. Kui on veel plekke või pind on tuhm, hõõru pind õrnalt läbi 100-sõela läbinud ja teravate servadeta peene liivaga, kasutades määrdeainena vett, et taastada pinna läige.